Atualmente, a Igreja Nova Apostólica Portugal tem 25 comunidades, incluindo o Arquipélago dos Açores e a Madeira, subdivididos em quatro distritos: Norte, Centro, Sul e Ilhas.
A direção da Igreja Nova Apostólica em Portugal é exercida pelo apóstolo de distrito Rainer Storck e o apóstolo Manuel Luiz, assistidos pelo bispo Dimitrios Diniz, um ancião de distrito e dois evangelistas de distrito.
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